航空工程学院成立于2015年7月，为学校5个航空系院之一。前身可追溯至1995年创办的滨州师范专科学校物理系，先后经历了滨州学院物理与电子科学系（2004年）、滨州学院光电工程系（2013年）等发展阶段。现面向无人驾驶航空器、航空宇航科学与技术、电子信息等领域开展人才培养、专业建设、学科建设和科学研究。设有无人驾驶航空器系统工程、飞行器动力工程、电子信息工程（航空电子方向、智能电子方向、无人机方向）、光电信息科学与工程4个本科专业和无人机应用技术、应用电子技术（无人机控制方向）2个专科专业，招收交通运输（航空无人系统工程方向）硕士研究生。全日制在校生2300余人。现有教职工56人，其中，专任教师52人，航空类专任教师46人；高级职称18人，具有博士学位25人，“双师型”教师24人；硕士生导师11人；持有民航局无人机操控员执照7人。先后荣获学校先进单位，学校新媒体建设工作、学校治安综合治理和“平安校园”建设先进单位等综合荣誉称号。

学院建有省级现代产业学院—无人机产业学院、省级电工电子实验教学中心、航空技术实验教学中心。设有山东省航空材料与器件工程技术研究中心、无人驾驶航空器测控系统滨州市技术创新中心、滨州市航空光电材料与器件重点实验室、航空光电信息处理与控制滨州市工程研究中心、滨州学院无人机技术研究所、航空发动机研究所等科研创新平台。拥有省级一流专业和省级特色专业各1个，省级专业发展支持计划项目1项，省级高水平应用型建设专业3个，建有省级‘三创教育’引领下电子信息类多样化应用型人才培养模式创新试验区，获批山东省新旧动能转换公共实训项目1项，为山东省无人机产业联盟副理事长单位。具备民航局无人机驾驶员培训资质，设有中国航空学会全国青少年无人机科学素质等级考务中心。承担国家基金项目9项，省部级基金项目18项，承担中国科学院、清华大学、青岛航空技术研究院等单位航空类研究课题30余项，发表论文200余篇，其中SCI收录百余篇，获批国际、国内专利100余项。获中国商业联合会服务业科技创新奖—全国服务业科技创新奖二等奖1项。

与济南华恒兴集团共建智能电子综合实训室、无人系统实验室，建有中国航天科工集团三十一研究所等20余处实践教学基地。先后获批国家级/省级大学生创新创业训练项目30余项，学生在全国大学生电子设计大赛、大学生节能减排大赛等各级各类学科竞赛中荣获国家级奖项60余项、省级奖项240余项。飞行器动力工程、无人驾驶航空器系统工程、电子信息工程、光电信息科学与工程专业毕业生高质量就业去向落实率、升学率保持在较高水平，赢得业界一致好评。